Sitôt nommé, il a démissionné de son poste de ministre de la Santé parce qu’il voulait une coupure complète avec le régime Ben Ali. Professeur de médecine à l'Université de Tunis, membre du forum démocratique, proche du PS, Mustapha Ben Jaafar, se dit "offusqué" par l'exode de Tunisiens vers l'Italie. Il explique au Parisien fr que le gouvernement de transition n'arrive pas à "maîtriser la situation". Estimant légitime que l'Europe se préoccupe de sa sécurité, il lui demande de ne pas occulter "la priorité des priorités" : "La rupture avec le régime Ben Ali et la construction d'un régime démocratique pour une Tunisie nouvelle..."