Toutes les adorables créatures de Madagascar sont de retour : le lion Alex, le zèbre Marty, la girafe Melman, l'hippopotame Gloria, le Roi Julien, Maurice et les pingouins... aucun ne manque à l'appel. Après s'être échoué sur les rivages lointains de Madagascar, nos New-yorkais ont concocté un plan dément - si dément qu'il pourrait bien réussir ! Avec une discipline quasi militaire, les pingouins ont rafistolé une épave d'avion, et au terme d'un vol chaotique à souhait, l'improbable équipage a pu rallier les vastes plaines d'Afrique...