เป็นเรื่องราวเกี่ยวกับชีวิตของสุซุมิยะ ฮารุฮิ และกลุ่มคนที่เข้ามาเกี่ยวข้องกับเธอ ในขณะที่ฮารุฮิเป็นตัวละครหลักที่เป็นจุดศูนย์กลางของเรื่อง เนื้อเรื่องของเรื่องนี้จะถูกเล่าในมุมมองของคิอนซึ่งเป็นหนึ่งในเพื่อนร่วมชั้นของฮารุฮิ คิอนได้ขึ้นเป็นนักเรียนชั้นมัธยมปลายที่โรงเรียนใหม่ เขาก็เหมือนกับคนทั่วไปในวัยเดียวกันที่ได้เลิกเชื่อเรื่องเกี่ยวกับองค์กรลึกลับ ผู้เดินทางจากอนาคต และการต่อสู้อันดุเดือดระหว่างมนุษย์ต่างดาว แต่ทว่าเมื่อเขาได้ทักผู้หญิงร่วมห้องที่แปลกประหลาดคนหนึ่งในวันแรกในชีวิตม.ปลายโดยไม่รู้ตัวว่าเขากำลังจะถูกลากเข้าไปสู่เหตุการณ์อันแปลกประหลาดมากมากซึ่งต่างกับโลกที่เขาเคยเชื่ออยู่สิ้นเชิง และเหมือนกับโลกพลิกกลับเมื่อเขาต้องถูกลากเข้าไปพัวพันกับเหตุการณ์ประหลาดที่เหมือนกับในการ์ตูน ซึ่งเขาได้พยายามที่จะลืมมัน ซึ่งในตอนแรกเขานั้นไม่ได้รู้เลยว่าสุซุมิยะ ฮารุฮิเพื่อนร่วมชั้นที่เขาทักนั้นจะเป็นต้นเหตุแห่งเรื่องทั้งหมด ฮารุฮิซึ่งเบื่อหน่ายกับชมรมทั้งหมดที่มีอยู่ในโรงเรียน ได้รับแรงบันดาลใจจากคิอนที่จะตั้งชมรมขึ้นมาเป็นของเธอเองตามที่เธอพอใจ ในการตั้งชมรมนั้นเธอได้ลากคิอนเข้าชมรมด้วย คิอนซึ่งจำใจอยู่เพื่อปกป้องเหยื่อที่น่าสงสารจากการ "จับอาสาสมัคร" ของฮารุฮิ อย่างไรก็ตามกลับกลายเป็นว่าคนพวกนั้นไม่ได้โดนฮารุฮิลากมาธรรมดา ๆ แต่ละคนก็มีเหตุผลพิเศษในการมาอยู่ในชมรมของฮารุฮิ...