DC Universe Online proposera différentes instances telles que celle de Smallville. Les habitants de la bourgade où a été élevé Superman sont contaminés et se transforment progressivement pour prendre la forme et les pouvoirs de Doomsday, l’un des ennemis jurés de l'homme d'acier... Vos missions seront différentes si vous choisissez le camp des super-héros ou celui des super-vilains, mais dans tous les cas vous serez toujours confronté à l'infâme Doomsday en personne à la fin de cette instance.